lncRNA와 Pseudogene.

lncRNA와 Pseudogene.

이번주 Nanture online에 publish된 재미있는 논문 2개.

Peoples

2개중에서 하나는, Eric Lander 랩에서 나왔다. Eric Lander님은 현 Broad Institute of MIT and Harvard 의 director. 대학교때, MIT 에서 공짜로 오픈해준 “Introduction to Biology (open course)” 강의에서 genetics 파트를 강의해 주셨었는데.. 재미있게 해주셨던 기억이 있음. 덩치도 크고 콧수염도 나고… ㅋㅋ 그래서 그런지 그냥 동네 아저씨 같은 느낌이 있었는데.. 알고보니 엄청난 대가였음.

Eric Lander President and Director, Broad Institute of MIT and Harvard

Eric Lander President and Director, Broad Institute of MIT and Harvard

그것보다 논문의 1저자인 Jesse M. Engreitz 보고.. ㅎㄷㄷ. 현재 Eric. Lander 밑에 있는 포닥님이신데, Cell, Science, Nature  (CNS) 모두 달성하셨음. 심지어 2016년에 Eric. Lander 님과 책임저자로 Science에 논문도 내셨…어…헐..! 넓게는 gene regulation에 관련된 연구를 하고 있는 것을 보임. 당장 feedly에 추가해야겠다..근데 얼굴도 잘생겼어..으아.. 나중에 어디 교수님으로 가실랑가.

Jesse Engreitz

Jesse Engreitz

Papers

  • “Pseudogene 이 제대로 된 단백질을 만들어 낼수도 있어..”: Olfactory receptor pseudo-pseudogenes. Lucia L. Prieto-Godino, Raphael Rytz, Benoîte Bargeton, Liliane Abuin, J. Roman Arguello, Matteo Dal Peraro & Richard Benton. [Link]
    • Pseudo라는 말은 가짜라는 뜻. 그러므로 pseudogene은 짝퉁 유전자. 짝퉁 유전자는 우리가 기존에 가지고 있던 유전자에 nonsense 돌연변이 혹은 frameshift 돌연변이가 축적(?)이 되면서 제대로 된 기능을 가진 단백질을 만들어내지 못하는 유전자. 그냥 보통 junk라고 생각함.  Premature termination codon (PTC) 라고 해서, 이 돌연변이가 생기면 “단백질 그만 만들래?”라는 signal을 주게 되고,  결국 그 단백질은 … 중간에 다 안만들어지고.. 삐꾸가 나옴..
    • 하지만 초파리의 어떤 특정 신경세포 (olfactory sensory neuron)에서만! 기능적인 단백질이 만들어지고 특정 odour에 대한 기능을 가질수 있게 한다는 것을 발견함.. ㅎㄷㄷ.. 한마디로 특정 신경세포에서만 PTC signal 무시하고 올바른(?) 단백질을 만들어 냄. 그리고 기존과는 조금 다르게 특정 odour에 대한 기능을 부여한다고…
    • 감상: WES 분석을 통해 발견한 돌연변이는 보통 우리 몸 어디에나 존재하는 돌연변이인데, 왜 그 돌연변이들은 특정 phenotype만 만들어 낼까? 라는 질문이 있었다. 뭐 당연히.. “돌연변이가 있는 그 유전자가 만들어내는 단백질이 특정 tissue에서만 발현이 되겠지..” 라고 생각해 볼수도 있겠지만, 이 논문에 나온 것처럼 특정 tissue에서는 그 돌연변이를 무시하고 function 이 있는 단백질을 만든다는 것을 보면. 뭔가 우리가 모르는 매커니즘이 있는 것 같음. 신기방기한 재미있는 논문.

 

  • “Long non-coding RNA (lncRNA)가 가깝게 위치한 주변 유전자의 transcription에 주는 영향”: Local regulation of gene expression by lncRNA promoters, transcription and splicing. Jesse M. Engreitz, Jenna E. Haines, Elizabeth M. Perez, Glen Munson, Jenny Chen, Michael Kane, Patrick E. McDonel, Mitchell Guttman & Eric S. Lander. [Link]
    • 어떤 lncRNA promerter 를 지워봄 -> 이상하게도 가까이 있던 다른 유전자의 발현이 안돼.. (당연히 lncRNA 자체도 발현이 안됨) -> 그래서 promoter는 살려두고 lncRNA만 지워봄 -> 옆에 있던 다른 유전자의 발현이 잘됨. -> 이 Promoter는 기존에 알려진 enhancer 마커는 없었음. -> 아마도 이 promoter가 다른 유전자의 enhancer와 같은 역할을 할것으로 생각됨. 아니 기대됨. 아니 아직 몰라.
    • 감상: 읽을때는 짱잼. 꿀잼이었는데, 논문이 12개 loci lncRNA만 테스트 하고 있다. 부족해도 많이 부족하지 않나..? 그래도 Eric. Lander 님이니까.

 

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