2016 스웨덴 학회 이야기.

2016 스웨덴 학회 이야기

Uppsala Konsert & Kongress

Uppsala Konsert & Kongress

본래 원대한 저의 스웨덴 학회 리뷰계획은 이곳 저곳 둘러본 스톡홀름 (Stockholm)웁살라 (Uppsala)를 먼저 정리하고 마지막에 열심히 보고 배운 학회내용에 대해서 올리고 싶었지만.. 결국 저의 게으름은 ‘스웨덴 학회 여정 1일차‘만 올리고 말았습니다. 이것저것 일이 많았다고 핑계를 대고 싶지만..  스톡홀름과 웁살라 여행은 나중에 천천히 생각나면ㅋㅋ 정리하려고 합니다.

이번 Keystone symposia on Molecular and Cellular biology는 “Understanding the Function of Human Genome Variation”라는 주제로, 스웨덴 웁살라 ‘Konsert & Kongress’라는 곳에서 열렸습니다. (5월31-6월4일) 일단 부족한 저는 이미 44년의 역사를 지니고 있는 ‘Keystone Symposia‘에 대해서 처음 알게 되었습니다. 홈페이지에 들어가보면 세계 각지에서 다양한 주제로 열리고 있는 학회 리스트를 볼 수 있는데,  내년 6월에 예정된 학회도 벌써 올라와 있네요. 학회 등록비가 너무 비싼게 함정..

이번 컨퍼런스의 organizer는 Kerstin Lindblad-Toh 교수님과 Xavier Estivill 교수님이셨습니다.

Kerstin Lindblad-Toh 교수님은 현재 Uppsala 대학교와 Broad Institute (Havard & MIT)에 계시는 분인데, 이전부터 멍멍이 연구로 유명하신 분으로 알고 있었습니다. 현재는 Broad 연구소에서 진행중인 29 mammals project를 진행하고 계시다고 하는군요. 아쉽게도 이번 심포지아에는 건강상의 문제로 참석을 못하셨고, 같이 일하고 계시는 교수님 몇 분과 Broad에 포닥으로 계시는 Hyun Ji Noh 박사님께서 대신(?) 오셨습니다. 노박사님은 발표도 대신 해주셨는데.. 정말 굿굿. 완전 재미있었슴다

Kerstin Lindblad-Toh

Xavier Estivill 교수님은 현재 스페인의 Pompeu Fabra 대학교에 계시는 분인데, psychiatric disorders 연구와 small non-coding RNA에 대해서 연구하고 계시는 분이셨습니다. 발표도 직접해주셨는데 개인적으로는 그렇게 흥미롭지는 않았습니다. 오히려 같은 대학교에 계시는 Nuria Lopez-Bigas 교수님의 발표가 너무 재미있었다는..ㅎㅎ

학회는 4일동안 오전/늦은오후. 이렇게 2번의 시간동안 각각 다른 주제로 진행되었습니다. 총 8개의 main sesseion마다 3~4개의 소위 ‘빅가이’로 생각되는 교수님들께서 발표를 해주셨고, 그후에 쩌리 아닌 실력파 포닥 박사님이나 박사과정 학생이 2~3개의 짧은 발표를 진행해 주었습니다. 마음 같아서는ㅋㅋㅋ 모든 교수님들을 다 정리해 놓고 싶지만, 몇몇 생각나는 교수님들 + 저번 싱가폴 학회 리뷰와 비슷하게 가장 기억에 남는 Stanford 대학교에 계시는 William J. Greenleaf (이하 초록잎교수님ㅋㅋ)를 파도록 하겠습니다.


  • Day1-1 주제: Pleiotropy and Epistasis of Variants Involved in Disease
  1. Len Pennacchio (Berkley): 당장이라도 앞으로 달려가 “충성!!!! 노오오력하겠습니다!”라고 외쳐야 할 것 같은 느낌으로 발표를 진행해 주신 박력남 피나치오 교수님의 발표는 정말 인상적이었습니다. Berkley에 계시는 분인데, Mouse model에서 enhancer를 KO 시키며 Phenotyping을 하시는 교수님이셨습니다. IDIS 라는 질병을 가진 가계도에서 WES와 SNP array를 통해 새롭게 찾으신 ORF(open reading frame) X  X는 비밀.. 가 없어지면, 상당히 흥미롭게 mouse의 phenotype이 실제 환자와 비슷하게 바뀐다!라고 박력!!있게 발표를 해주셨습니다. (Unpublished.. 곧 논문 나올예정..이라고..)
  2. Michael Snyder (Stanford): 워낙 유명하신 스네이더! 교수님. 반짝이는 대머리는 축구선수 스네이더와 너무 비슷해.. 맨날 비슷한 느낌의 발표를 해주시는 느낌이지만 현재 미국에서 오바마 형님께서 말씀하신 Precision medicine과 자기 자신의 WGS, methylation, proteome 등등의 데이터를 보여주면서 발표를 진행했습니다. 개인적으로 재미는 없었고.. 그냥.. 유명하니까..

Michael Snyder

  • Day1-2 주제: Finding the Causative Variant(s)
  1. Heidi Rehm (Broad Institute, Harvard): 얼마전 Genetics in Medicine에 발표된 sequence 돌연변이에 대한 standards와 guideline에 대해서 발표해 주셨습니다. 내용이 그래서 그런지 뭔가 정부에서 가이드 라인을 정해주는 느낌의 발표였지만, 그래도 돌연변이를 다루고 공부하는 사람으로서는 굉장히 중요한 발표였습니다. 사실 연구실 자체에서 이미 이 논문을 한번 훑어봤던터라 그렇게 집중을 잘 하지는 못한게..함정.
  2. Nuria Lopez-Bigas (Pompeu Fabra University):  머리가 뽀글뽀글해서 나중에는 ‘뽀글이 아줌마’라고 불렀지만 특유의 재미있는 영어 발음으로 아주 재미있게 발표를 해주셨는데, 알고보니 상당히 Cancer data를 자~알! 다루는 실력파 이셨습니다. 내용은 지난 1월에 Nature!!!에 발표한 내용이 주였습니다. 38개 정도의 melanoma 데이터를 살펴보니, Transcription factor (전사인자)가 달라붙는 곳에 이상하게도 mutation rate가 높아져 있었다는 겁니다. 그리고 그게 전사인자가 달라붙는 부분에서만 특이적으로 NER (Nucleotide excision repair) 활성이 줄어들어있다는 거였죠. 이 외에도 자신이 개발한 여러 tool들을 소개해 주었는데 대부분 굉장히 유용해 보였습니다.

Nuria Lopez-Bigas

  • Day2-1 주제: Connection between Selection and Disease
  1. Jessica Alfoldi (Broad Institute):  200 mammals project와 HARs에 대해서.
  2. Barak Alon Cohen (Washington University): Cis-regulatory element와 Machine learning 에 대해서.
  • Day2-2 주제: Defining the Functional Elements in the Human Genome
  1. William J. Greenleaf (Stanford): 초록잎 교수님. 굉장히 유머러스하고 에너지가 넘치는 교수님. 이분은 밑에서 더 자세히 팔꺼임ㅎㅎ
  • Day3-1 주제: Human History, Migration and Evolution
  1. Svante Pääbo (Max Planck Institute): 스반테 페포는 워낙 유명하신 분이였는데.. 찾아보니 웁살라 대학교를 졸업하신 스웨덴인! 발표는 네안데르탈인 지놈에 대해서 발표해 주셨는데, 대부분 Nature 에 publish.. 개인적으로 아래 책에 싸인을 받아다 달라는 부탁(?)을 받아 발표가 끝나고 냉큼 달려가 인사를 했죠. 무턱대고 “싸인 좀 해주쇼..” 라고 말하기가 뭐해서 말도 안되는 질문을 했는데, 아주 친절하게 잘 답변해 주셨습니다. 질문이 좋다며 칭찬도 해주셨죠ㅋㅋ

Neanderthal Man: In Search of Lost Genomes

  • Day3-2 주제: Selection and Population Genetics
  1. Tuuli Lappalainen (New York Genome Cencer & Columbia University): 뉴욕에서 오셔서 그런지 튤리 교수님은 상당한 포스를 가진 분이셨습니다. 얼굴도 예쁘시다는..  작년에 Science에 발표된 GTeX project에 대해서 발표해 주셨는데, Tissue마다 다르게 나타나는 eQTL과 ASE (Allele Speicific Expression)에 대해 굉장히!! 강조하셨습니다. 그리고 immunological 자극에 대한 genetic response를 면역세포로 분석한 내용도 이야기해주셨음. 이것도 곧 publish 될 것 같음.ㅎ
  • Day4-1 주제: Complex Disease and Genetic Variation
  1. Nicole Soranzo (Wellcome Trust Sanger Institute): BLUEPRINT 프로젝트에서 진행중인 내용에 대해서 말씀해주셨는데, 위의 튤리 교수님과 상당히 비슷한 내용이었습니다. 좀더 massive한 느낌으로.. 면역세포 별 (Whole blood, Neutrophils, Monocytes, T-cell) 로 자극을 준다음 WGS + Total RNA-seq + Mehtylation + H3K4me1, H3K27ac 을 다 봐서 자극에 대해서 어떻게 반응을 하는가 살펴봤음. 그래서 eQTL, sQTL, meQTL, hQTL, ASE 등등을 다 분석.. ㅠㅠ 돈 무지막자하게 썼겄네.. 저는 Protein level 은 왜 안보냐고 질문을 했었는데, MS가 아직 좀 비싸고.. 사실 하긴 했는데 아직 데이터 프로세싱중이다!! 라고..ㅎㅎ

Nicole Soranzo

  • Day4-2 주제: Structural Variation
  1. Evan E. Eichler (University of Washington/HHMI): 이번 학회의 유일한 HHMI ?! 그래서 그런지 (?)  발표도 재미있었습니다. 예전에 교수님께서 CNV (Copy Number Variation)로는 상당한 대가라고 말씀해 주셨던 터라 발표도 집중해서 들었습니다. 사람과 침팬지를 진화적으로 차이나게 만드는 CNV에 대한 내용. Human specific 하게 가지고 있는 SRGAP2 duplication에 대한 내용. 그리고 (곧 publish를 할것 같은…) Autism에서 predispose하게 가지고 있는 Chr16의 P11.2영역 (BOLA2A, BOLA2B가 포함된곳..?)의 segmental duplication 영역. 그리고 그곳을 target해서 추가적으로 찾은 GLRX3-BOLA2A heterodimer에 대한 내용. 이건 실험도 하고 상당히 많은 데이터를 보여줬는데.. 기억이 잘..ㅠㅠ 논문 나오길 기다려야할듯.. 등등 재미있었습니다!

Evan Eichler


William Greenleaf

William Greenleaf

  • 발표제목: “ATAC-Seq – Chromatin Accessibility at the Single Cell Level”
    • 이제 초록잎 교수님에 대해 정리해보려 합니다. 이름도 이름이지만, 말하는 것 자체가 굉장히 너드스러웠습니다.. 개인적으로는 재미있었음ㅋㅋㅋ 그리고 상당히. 상당히. 젊고 똑똑한 사람이었습니다.  아래 이분의 이력을 보면, 왜 제가 젊고 똑똑한 사람이라고 말했는지..
      • A.B. Physics (summa cum laude 수석 졸업..워메) (Harvard) (1998-2002)
      • Ph.D., Applied Physics, (Stanford), Advisor: Steven M. Block. (2003-2008)
        • Greenleaf WJ,. et al. Science (2008): RNA folding
        • Larson MH, Greenleaf WJ,. et al. Cell. (2008): Transcription termination
        • Greenleaf WJ, and Block SM. Science. (2006): DNA sequencing
      • Postdoctoral Training. (Harvard), Advisor: X. Sunney Xie (2008-2011)
      • Assistant Professor, Department of Genetics, Stanford University (2011-present)
        • Buenrostro,. et al. Nature Methods (2013): ATAC-seq
        • Larson MH., et al. Science (2014): Transcription dynamics
        • Buenrostro,. et al. Nature (2015): Single-cell chromatin accessibility by ATAC-seq
        • Araya CL., et al. Nature Genetics. (2015): Somatic mutation
    • 이번 학회때는 ATAC-Seq에 대해서 간단히 설명해 주셨고, 작년에 Nature에 발표한 Single-cell ATAT-seq (scATAC-seq)에 대한 내용을 발표해주셨습니다.
      • ATAC-seq은 ‘Chromatin Accessibility‘를 살펴볼 수 있는 아주 좋은(?) method 입니다. 아래 그림처럼, 우리의 DNA는 히스톤이라는 단백질에 실타래가 묶이듯 예쁘게(?)  묶여 있습니다. 그리고 그것은 chromatin (염색질)이라는 구조를 이루죠. 재미있는 것은 이렇게 꽉꽉 묶여 있는 실타래가 어떤 조건하에 열려라 참깨!!!! 특정 부분만 살짝 풀려서 open!! 되게 되고, 특정 유전자의 Transcription을 허락(?)해줍니다.
      • 자, 그럼. 염색질 부분의 어떤 부분이 open 되는지는 어떻게 알수 있을까? 그것이 바로 ATAC-Seq!을 이용하면 알수 있다는 것.

        DNA Macrostructure

      • Transposase (Enzyme)의 일종인Tn5 라는 효소를 이용하는 것인데, 이것은 간단히 저렇게 open 된 공간을 접근해서 잘라내고 붙이는 성질을 가지고 있다고 합니다. 그 성질에 착안해서 Tn5가 잘라낸 곳에 adaptor를 같이 붙여주자는 아이디어! 그것을 Sequencing하면 저렇게 open! 된 공간만 특이적으로 알아낼 수 있다는 것!ㅎㅎ 천재?! 사실 DNase-seq과 FAIRE-seq이라는 것이 이미 사용되고 있었는데, ATAC-seq은 그것보다 훨씬 적은 샘플로도 충분한 데이터가 나올 수 있고, 무엇보다 실험방법이 간단해서 시간도 절약할 수 있다고 합니다.ㅎㅎ (Buenrostro,. et al. Nature Methods (2013))
      • 그럼 여기서 한가지 질문. 그럼 “왜 open 되어지는 부분을 알아내는 것이 중요합니까?” 라고 물으신다면? 쉽게 생각해보면 답은 간단합니다. 그리고 이 답이 곧, 2015년 Nature에 논문을 내면서 초록잎 교수님께서 던진 질문입니다. 바로 “왜 우리의 여러가지 세포들은 동일한 DNA로 시작해서 나중에는 그렇게 서로 달라지는거지?
      • 이 질문에 답하기 위해 초록잎 교수님은, single-cell ATAC-seq을 진행하였습니다. 일단 세포 하나만! 똭! 분리해 내는게 어려운 일. Microfluidics platform인 IFC를 셋팅하였고 고렇게 뽑아낸 세포에 ATAC-seq 바로 진행해서 세포별로 open된 영역을 살펴봄. 처음에는 method validation을 위해 ENCODE data를 만든 lymphoblastoid cell을 사용해 봤고, single로도 잘된다는 것을 확인했음.
      • 그 다음으로 K562 cell 데이터를 예를 들어 계속 설명. 같은 K562 cell 이어도 ATAT-seq을 해보니까, chromatin이 open 됬거나 closed 된 곳이 서로 너무 달랐음. 분명 같은 cell line 인데도 말이야!! ENCODE ChiP-seq, TF motif로 알려진 region은 어떤 상태일까? 살펴봤는데, 몇몇 trans-factor 들과 연관된 곳에는 상당히 많은 variance를 보여주는 반면, 어떤 곳은 다 비슷비슷 했음. 특히 K562 cells 같은 경우 GATA1이 붙을 수 있는 곳은 세포와 세포간에 다양성이 짱짱컸음!!
      • 아니 도대체 왜왜왜!!, 같은 종류의 세포임에도 불구하고 특정 영역에서 열려있고 닫혀있는 상태가 다른거야?! 이것에 답하기 위해, 여러가지 분석을 했는데 결론은, ‘서로 다른 TF가 synergize해서 그곳에 서로 같이 붙을 수 있도록 도와주거나 혹은 억제하거나 해서 다양성을 유도한다‘는 결론을 내림.
      • 그리고 ‘세포에 어떤 변화를 주었을때, 가령 약을 친다던가, chromatin이 열린 공간과 닫힌 공간의 변화를 유도할 수 있을까?’ 라는 질문에 답도 잘 보여주었음. 더 많은 데이터와 설명이 있었긴 했는데.. 논문을 봐도 잘 이해가 안가서.. (Buenrostro,. et al. Nature (2015))

휴.. 긴 리뷰를 대충 정리 끝! 사실 연구실 발표 준비하면서 다 정리해 놨던거라.. 그렇게 힘들진 않았지만, 그래도 무엇인가 정리를 한다는 건 상당히 힘든 건 사실..ㅠㅠ 마지막으로 노현지박사님께서 즐겁게(?) 코멘트를 해주신 포스터 사진을 올리고 마무리!! 아… 스웨덴 놀러다닌 것도 정리해야 하는데..

YongjinYoo at Keystone Symposia

YongjinYoo at Keystone Symposia

2016 스웨덴 학회 여정 1일차.

 2016 스웨덴 학회 여정 1일차

Day1 at Stockholm

오랜만에 블로그에 글을 올립니다. 그것도 여유롭게 스웨덴의 웁살라(Uppsala)에서.. 😀

이번 2016년에는 “Understanding the Function of Human Genome Variation“라는 주제로 열리는 Keystone Symposia에 오게 되었습니다. 이번 심포지움은 스웨덴에서 4번째로 큰 도시인 ‘웁살라’에서 열렸습니다. 왜 노벨상을 수상하는 유명한 스톡홀름이 아닌 웁살라에서 열리는가..를 고민했었는데, 아마도 스웨덴에서 가장 오래되고 유명한 웁살라대학 (Uppsala University) 때문인 것 같습니다. 이러한 이유로 스웨덴에 오게 되었고, 개인적으로는 북유럽을 처음으로 방문하게 되었습니다. 학회내용은 정말 리뷰할게 방대하고 많기 때문에. 따로 올리기로..

인천 – 스톡홀름의 직항도 있었지만, 가격이 상당한 관계로.. BK의 해외학회지원을 받아가는 대학원생에게는 어떻게든 비행기 비용을 줄여서 여비를 만드는게 중요하다는게 가장 큰 원인.  ‘인천-모스크바-스톡홀름’ 의 여정인 Aeroflot (러시아항공)을 이용하게 되었습니다. 사실 저는 할리우드 영화에 굉장히 익숙(?)한 사람인지라 러시아하면, 무서운 KGB 요원, 장기매매..등등이 생각났습니다.  무엇보다 모스크바를 경유하면, delay도 자주되고 짐을 분실할 수 있는 가능성이 굉장히! 크다는 블로그 글들을 보면서.. 험난한 여정이 되지 않을까 걱정이 되었습니다.

Day1 at Stockholm

 

편도만 이용한 현시점에서 절대no걱정. Aeroflot 항공은 대!만족이었습니다. 가장 기억에 남는 것은 비행기가 정말 부드럽게 이착륙을 한다는 점ㅋㅋ 기내식이 맛없다는 후기도 많았는데, 저는 굉장히 맛있게 먹었습니다. 기내 서비스가 조금은 거친면이 있지만 개인적으로 우리나라 항공이 지나치게 잘해주는 것 같다고 생각. 그렇게 크게 신경쓰이지 않았습니다. delay도 안되었고, 짐도 아주 잘 도착했습니다ㅎㅎ

어쨌든, ~13시간의 비행여정을 만족스럽게 마치고 스톡홀름 국제공항에 도착했습니다. 공항에 도착하니 바로 북유럽 스타일의 심플한 디자인과 컬러가 바로 눈에 들어왔고, 공항이라기보단 스웨덴의 유명한 가구 브랜드인 이케아(IKEA) 매장에 온 듯한 느낌을 받았습니다. 또 한가지 굉장히 부럽다고 느낀 것이 있었는데, 짐을 찾고 나가는 곳곳에 스웨덴의 유명인사들의 사진을 볼 수 있었습니다. 헐리우드에 진출한 배우도 있고, 스웨덴 왕궁의 왕님(?)의 사진도 볼 수 있었죠.  외국인이 처음 스웨덴에 발을 들여놓는 바로 그 공항 출구에 이렇게 디자인을 해놓은 것을 보면, ‘이 나라가 얼마나 사람을 중요하게 생각하고 있는지. 그리고 얼마나 자랑스럽게 그들을 생각하고 있는지.‘를 강하게 느끼게 해주었습니다. 부럽..ㅠㅠ

Day1 at StockholmDay1 at Stockholm

한국보다 7시간느린 스톡홀름의 밤은 굉장히 밝았습니다. 5-6월부터 시작되는 백야 때문이었죠. 여름이 되면 더 심해진다고 하는데.. 이것보다 더하면 어떻게 잠을 자…ㅠㅠ 스톡홀름 공항에 도착한 시간이 저녁 7시였지만, 이번 여정에서 정말 없어서는 안될 USIM 구입 Google Map과 카톡 없이는 어디도 갈 수 없습니다..ㅋㅋ 진짜 구글맵은 진리. 과 스톡홀름 교통카드, 스톡홀름 관광카드 (스톡홀름 패스)를 구매하느라 무려 공항에서 3시간 정도를 허비했습니다.. 뭐 이런 것이 가이드 없는 배낭 일정의 묘미이겠죠. 게다가 스톡홀름 공항에서 숙소 (Archipelago Hostel)가 있는 감라스탄 (Gamla stan)으로 이동하려면 약1시간정도가 소요되었기 때문에.. 밤 12시가 되서야 겨우 짐을 풀 수 있었습니다.

작은 섬으로 이루어진 감라스탄은 스톡홀름의 정말 중요한 장소인데, 노벨박물관, 대성당, 왕궁 등등 중요한 장소들이 모여있는 곳이기도 합니다. 특히 고딕, 바로크 양식의 건물들로 이어진 구불구불한 길들은 스웨덴의 옛 모습과 정취를 고스란히 느낄 수 있는 곳이었습니다. 이곳은 후 일정에 더 자세히 볼 예정이이었기에 피곤함 몸을 이끌고 예약해둔 숙소를 향해 달려갔습니다ㅎㅎ 달리지 않으면 빈약하게 걸친 얇은 옷들이 저의 몸을 스톡홀름의 밤추위에서 보호해줄 수 없었다는게..함정. 어쨌든 이렇게 중요하면서 멋있는 장소를 아무도 없는 밤12시에 트렁크를 끌면서 걸을 수 있다는 것은 쉽게 경험할 수 없는 것이었죠. 밤이었지만 “내가 정말 북유럽에 오긴 왔구나..”라는 생각이 들정도로 주변은 멋있습니다. 트렁크를 끌며 사진은 계속 찍어댔죠ㅎㅎ

Day1 at Stockholm Day1 at Stockholm

Archipelago Hostel은 공동 화장실과 샤워실을 사용하긴 해야했지만, 정말 깔끔하고 짧게 머물기에는 괜찮은 곳이었습니다. 무엇보다 감라스탄에 위치하고 있다는 것만으로도 엄청난 만족. 이 호스텔을 조사해 예약해 준 연구실 후배에게 정말 감사할 뿐입니다ㅋㅋ 이렇게 스톡홀름의 첫 날은 우여곡절 끝에 잘 마쳤습니다ㅎㅎ

피 한방울에서 Cancer를 ?!

Illumina CEO Jay Flatley

“피한방울로 모든 Cancer를 잡아낼수 있다?!” 정말 한방울 가지고는 안되겠지만..뭐.

오늘 Nature 뉴스를 보다가, DNA sequencing 기술로는 압도적인 회사인 Illumina에서 GRAIL 이라는 startup을 시작했다고 합니다. 100 million 달러의 투자를 받았다고 하네요. 투자자 중에는 아마존 founder인 Jeff Beros와 유명하신 게이츠 형님도 있다고 합니다.

기본적인 컨셉은, 환자에게 암이 생겨 증상이 나타나기 전. 즉 도저히 잡아낼 수 없을 정도의 초기 상태의 암세포에서 떨어져 나오는 DNA를 deep sequencing 해서 잡겠다는 것 입니다. 몇 년전부터 그리고 최근에 싱가폴학회에 가서도 들었던, 엄마의 Blood에 돌아다니는 아기의 cell-free DNA (cfDNA)를 잡아내서 이런저런 검사를 한다는 것과 비슷한 개념인 것 같습니다.

아직까지 startup이기 때문에 실제로 얼마나 가능할지는 모르겠지만, NGS기술발전과 비용이 떨어지고 있는 것을 보면 충분히 가능할 것 같아 저렇게 많은 투자를 받을 수 있었겠죠. 근데 Illumina가 너무 독과점을 하고 있으니 비용이 안떨어지고 있는게 함정?!  실제로 가능하기만 하다면.. 간단한 피검사 만으로도 우리몸에서 암세포가 자라고 있는지 아닌지 좀 더 빠르고 정확하게 알 수 있겠네요.

관련 뉴스 링크:

일루미나 광고성 뉴스ㅋㅋㅋ: http://www.illumina.com/company/news-center/press-releases/press-release-details.html?newsid=2127903

포브스 : http://www.forbes.com/sites/matthewherper/2016/01/10/a-single-blood-test-for-all-cancers-illumina-bill-gates-and-jeff-bezos-launch-startup-to-make-it-happen/#2715e4857a0b7600c5a0192e

 

2015 싱가폴 학회 이야기.

Cell symposia. Human Genomics. 2015.11.08-10 [link]

S1

오늘은 늦었지만 11월8일-10일 싱가폴에서 열린 Human genomics 학회에 다녀온 것을 정리해 보려합니다. 벌써 1달이 되었군요. 박사과정을 시작하고 해외 학회는 처음 다녀온 것인데 기대한 만큼 많이 배우고 왔습니다. 무엇보다 하늘을 날아다니시는 ‘갓파더‘ 분들을 뵙고 처절한 겸손을 배우고 왔습니다ㅎ

이번 Human genomics 학회는 Cell에서 주최한 것으로, 싱가폴의 유명한 유전체 연구소인 GIS A STAR에서 열렸습니다. 교수님께서 A STAR가 어떤 프로그램인지 자세히 알려주셨었는데.. 이건 나중에 다시 정리해보겠음. 싱가폴의 대.단.한 족쇠 프로그램이 아닌가…

S9

GIS는 싱가폴의 Biopolis 라는 국제연구단지 안에 위치하고 있었습니다. 주위에는 싱가폴국립대(NUS), 싱가폴폴리텍, 싱가폴국립병원 등등. 다양한 연구 인프라와 연결되어 있었습니다. 싱가폴에서 전략적으로 Biomedical science 연구를 위해 만든 곳이라고 하는군요. 그래서 그런지 몰라도 굉장히 깔끔했고 건물 이름이 Chromos, Genome, Nanos, Proteos!!ㅋㅋ 센스쟁이들. 우리나라 말로하면, 염색체동, 게놈동, 단백질동..ㅋㅋㅋ
S4S3

전체적인 일정은 2박3일의 일정으로, 학회 전체가 그렇게 하드코어로 막 돌리는 느낌은 아니었습니다. 하지만 배낭여행 코스프레한 우리의 싱가폴 여행일정이 함정..

Keynote speaker는 ‘CRISPR 장인 Feng Zhang’과 ‘Cancer CNV의 달인 Jan Korbel’. 이렇게 두분이었습니다. 사실 이 두분 말고도. Rick Young, Pier Paolo Pandolfi, Chris Walsh(이분은 개인 사정으로 못오셨다고 하였는데.. 정말 너무 아쉬웠습니다..), Josh Mendell 등등 쟁쟁한 연사분들이 많이 계셨습니다.

발표는 invited speaker 두분과 post.doc 혹은 젊은 연구자 한분의 short talk으로 이루어 졌고, Cancer genomics, Psychiatric and neurodegenerative diseases, Pharmacogenomics, RNA and disease, Embryonic development and transgenerational inheritance 등 다양한 주제로 진행되었습니다.

하지만 한달이 지난 지금, 저에게 있어 싱가폴 학회 내용을 한단어로 표현하자면, “non-coding + RNA”이라고 말할 것 같습니다. ‘발표시간이 어떻게 지나갔지?’ 라는 생각이 들었던 몇몇의 talk들을 생각해보면 대부분 RNA와 gene regulatory system에 대한 내용이었습니다.

그래도 몇가지 느끼고 생각하게 된 것을 요약해 보자면,

  1. 시퀀싱 기술의 보편화. 소위 WES, WGS 등등으로 불리는 genome sequencing 기술이 정말 정말 많이~ 보편화 되어지고 있는 것 같습니다. 즉, 현재 생물학 연구를 수행하는 사람이라면 모두 해봤다고(?) 말할 수 있는 PCR 기술처럼 되고 있다는 것입니다. 이것은 제가 박사과정을 시작할때쯤. (혹은 지금도..여전히..?) 국내 학회에서 자주 보았던 sequencing 비용이 무어 규칙을 벗어나 급격하게 떨어지고 있다는 이유만은 아닐 것 같습니다. 많은 분야의 사람들이 sequencing 기술을 이용해 연구를 하고 있고, 이제 그 누구도 data QAQC를 했느냐 라고 물어보지 않는.. 그런 느낌이었습니다.
  2. 매커니즘 스터디. 뭔가 정말 재미있다 라고 느껴졌던 talk을 돌이켜 보면, 하나하나 작은 finding들이 모여 전체적인 하나의 그림을 그리고 있었습니다. 가설을 세우고 그것을 하나하나 증명해 가면서 처음부터 끝까지 무엇인가 큰 그림을 만들고 있다는 이야기 입니다.
  3. 작은 고집. 이건 Josh Mendell의 talk을 통해 많이 느끼게 되었는데, talk 중에서 연구실의 포스닥이었나 박사과정이 고집을 부려 확인을 해보려고 했던 작은 실험이 결국 연구의 물꼬를 틀었다고 하였습니다. 즉 보이지 않은 곳에서 죽도록 삽질해야만 알 수 있는 그런 감(?)들은 연구자 본인만이 알 수 있으니, 누가 뭐래도 확실하게 가설이 기각이 되지 않는 이상 대충 넘어가서는 안될 것 같음ㅎ
  4. 넉넉한 시간. 국제학회라서 그런지 몰라도. 국내학회에 비해 상당히 학회가 여유로웠습니다. 질문시간도 넉넉해서 부담을 가지지 않고 질문을 하였던 것 같구요. 특히 세션 중간중간 쉬는 시간도 상당히 길어서 다음 세션에 더 집중을 잘 할 수 있었습니다.
  5. 대가의 여유. 처음으로 국외 학회에 포스터를 발표했는데, 몇몇 분들께서 질문을 해오셨습니다. 그중 교수님들도 계셨는데, 정말 흥미로운 결과라며 적극적으로 이것 저것 물어보셨습니다. 흥미롭고 궁금한 부분이 있다면 쩌리 박사생인 제게도 열심히 질문을 하시는 모습이 참 인상적이었습니다ㅎㅎ

몇몇 재미있는 talk들을 정리해보면,

  1. Rick Young. Whitehead institute (MIT)에서 오신 이분의 talk은 영화배우 같은 감미로운(?) 목소리에 도저히 집중을 안할수가 없었습니다. 후에 알았지만 저 MIT의 흰머리 연구소는 엄청난 곳이더군요. 자부심도 장난 아니라고 합니다.. 칫 부럽군. 뭐. 어쨌든, 주로 연구하시는 내용은 ‘Super enhancer’ + ‘chromatin structure’ 였습니다. super enhancer는 말그대로 unsual하게 transcriptional mediator들이 binding하는 곳인 것 같습니다. ChiP-seq을 통해서 찾는 것이 었는데, 이 개념도 어느정도 이미 연구가 많이 되어 있는 상태인 것 같았습니다. 이에 대한 내용은 CSHL 2015에서 인터뷰를 했던 Rick young의 Youtube 영상을 통해 확인하실 수 있습니다.
  2. Pier Paolo Pandolfi. 이분은 Harvard에서 오셨고, Cancer biology에 대해서는 상당히 많은 연구를 진행하신 갓파더 이셨습니다. 이탈리아 분이시라 그런지 영어 말씀하시는 것도 상당히 재미있고, 금방이라도 두손을 모아 하늘을 향해 흔들 것만 같은 느낌이었습니다ㅎ 어쨌든 talk은 정말 재미있었습니다. ‘competing endogenous RNA (ceRNA)’라는 개념을 설명하셨는데, 찾아보니 이 개념을 처음으로 제창(?)하신 엄청난 대가셨습니다. 제가 랩미팅때 이분이 발표하셨던 것을 리뷰하려고 신상을 좀 파봤는데ㅋㅋㅋ(밑에 그림 참고. designed by 용진ㅋㅋ) 이거 했다가 엄청 욕먹기는 했습니다만. Nature, Science는 기본이요, Cell에도 상당히 많은 논문을 publish하셨고, 2010년부터 non-coding RNA, 특히 앞서 말씀드린 ceRNA를 말씀하셨습니다. 내용은 그리 어렵지 않습니다. 우리가 보통 이건 뭔겡? 이라고 생각했던 pseudo-gene에 대한 역할이 아마도 miRNA의 target inhibition 효과를 조절하는 sponge와 같은 역할을 할것이라는 것입니다. 즉, A라는 유전자가 M이라는 miRNA에 의해 inhibition되어 진다고 하면, A라는 유전자의 pseudogene인 p-A는 A 유전자와 상당히 비슷한 sequence 를 가지고 있어서 miRNA를 흡수해 버리는 스펀지가 될수 있다는 것입니다. 그래서 만약 p-A가 올라가면 M은 A가 아닌 p-A에 더 달라붙고 결국 A는 M의 inhibition으로부터 자유하게 된다는 것이죠. 상당히 재미있으면서 진짜?! 진짜?! 진짜?! 정말이라고?!를 속으로 외쳤던 발표였습니다. Screen Shot 2015-12-10 at 11.32.09 PM

이 외에도 NORAD라는 non-coding RNA 에 대해 발표하신 Josh Mendell (UT Southwestern, HHMI) 님. RNA-binding parter에 대한 이야기를 해주신 Matthias W. Hentze (EMBL) 님. CRISPR의 장인이라 불러다오 라고 외치셨던 Feng Zhang (Harvard-MIT Broad institute) 님.. 등등 재미있는 talk이 많이 있었습니다. Josh Mendell님의 발표가 끝나고 달려가 몇가지 궁금한 걸 질문도 했죠ㅎㅎ (절대 설정샷아닙니다.ㅋㅋㅋ정말입니다)S2

전체적으로 상당히 만족스러운 학회였습니다. 하늘에 날아다니시는 갓파더 슈퍼맨들은 nature, science, cell등은 누워서 떡먹기니.. 앞으로 더 겸손.겸손.겸손.겸손히- 연구에 임해야겠다는 깊은 깨달음이 있는 그런그런 학회였습니다.마무리 하면서 사진 몇개 투척!

S5

학회가 열리는 건물이었던 chromos (맞나..?) 건물 1층에 놓여있던 DNA 이중나선 구조.
S7

아마도 clake인 것 같군요. 오른쪽으로가면 Marina Bay. 지중해 러닝을 즐기는 많은 서양인 친구들을 볼수 있는 곳이었죠.S8

 이제는 싱가폴의 랜드마크가 되어버린 Marina Bay Sands 호텔이 보이는 Marina Bay 입니다. 우리나라 쌍X건설이 만들었다는군요.

Elana Simon’s story

이 업계에 몸담은지 시간이 조금씩 지나면서 연구논문이나 report 같은 것을 자주 볼 수 밖에 없게 되었는데, 그때마다 ‘아 재미있네’하고 그냥 지나치면 서서히 머리속에서 사라지는 느낌이 들었다.. 늙은건가? 그래서 이렇게라도 정리해 놓으면 좋겠다라는 생각에.. 처음으로 페북에 정리를 좀 해보려한다ㅎㅎ

첫번째 스토리의 영광은, Elana Simon씨의 ㅎㄷㄷ한 엄친딸 이야기. 사실 내가 영광일수도 있다.

사실 미쓰.Simon씨 이야기는 5-6개월전 교수님 의대 본과 학생들 수업때 청강을 갔다가, 교수님께서 Obama형님의 Preicision Medicine intiative에 대해 소개해 주시면서 알게 되었다. 버락 오바마 형님께서 2015년 2월 정도에 백악관에서 발표한 Preicision Medicine 스토리는 나중에 더 정리해 볼 생각.

미쓰.Simon씨는 기구한 인생을 살뻔한 19살 소녀이다.
12살에 섬유층판 간 세포암(fibrolamellar hepatocellular carcinoma)이라는 희귀암 진단을 받았다. 외과적 수술로 암세포들을 잘라내지 않고 약으로 치료하는 건 굉장히 어렵다고 한다..
결국 미쓰.Simon씨도 많은 양의 간조직을 잘라냈고, 다행히 현재까지 건강히 아주 잘 자라주었다고 한다.

여기까지만 보면 불행해 보이지만, 미쓰.Simon씨는 엄친딸.
아버지가 그 유명한 Rockefeller 대학교의 교수. 아버지의 진두지휘 아래 시작된 일이겠지만, 어쨌든 아버지 연구팀과 함께 자신이 가지고 있던 섬유층판 간 세포암에 대해 연구를 시작하게 되었단다.

간단하게 정리하면,

  • 정상 간세포와 15명의 각기 다른 환자에게서 유래한 섬유층판 간 세포암 DNA와 RNA를 sequencing.
  • 15개의 모든 암세포에서 19번 염색체 일부(~400kb 염기)가 삭제되면서 DNAJB1라는 유전자와 PRKACA라는 유전자가 서로 붙어 있는 카이메릭 전사체 (chimeric transcript)가 만들어지는 것을 발견하였단다..ㅎㄷㄷ
  • 2014년에 아버지 Sanford M.simon 및 연구실 사람들과 함께 Science (2014, Vol. 343 no.6174)에 결과를 보고함.
  • 이러한 발견으로 좀 더 빠르고 정확하게 “섬유층판 간 세포암”이라는 진단을 내릴수 있도록 하는데 큰 도움을 준 셈.

이러한 업적을 인정받아, 무려 19살이 되던 올해, 백악관에서 열린 Science Fair의 첫번째 발표자가 되기도 하고..
앞서 이야기한 Preicision Medicine Announcement 행사에서 버락 오바마 형님을 introduction하는 영광도 누린다. 뭐 당연히 미국 언론들은 수많은 기사들을 쏟아낸듯.. 그리고 지금은 Harvard에 진학했단다 ㄷㄷㄷ 진정한 엄친딸.

미쓰.Simon씨의 개인 홈페이지에 가면 자기 스토리가 실린 기사들을 아주 잘 정리해두었다. 백악관 Science Fair에 초대되어 버락형님에게 자기가 발견한 업적을 소개하는 영상도 있음.

결론은.. 하늘은 공평하지 않다?! 얼굴도 예쁜데, 연구도 잘해..