Single cell 장인의 시리즈물 2탄: DroNc-Seq

Single cell 장인의 시리즈물 2탄: DroNc-Seq

DroNc-Seq: Deciphering cell types in human archived brain tissues by massively-parallel single nucleus RNA-seq.

이제서야 BioRxivFeedly에 추가하였다. 참 느리다 느려.. 추가하자 마자 보이는 논문에, CRISPR 장인 Feng Zhang님과 Single Cell 장인 Aviv Regev님이 보이시네. 바로 읽어봐야지 그럼. 이 두분에 대해서는 예전 Science 논문 리뷰하면서 올렸었으니 참고.

Aviv Regev, Ph.D.

Feng Zhang, Ph.D.

이 논문은, 지난 Science 논문의 sNuc-seq, Div-seq 을 한층 더 업그레이드 하여 ‘DroNc-Seq’ 이라는 것을 해봤다는 시리즈물. 진짜 대단하다 대단해.. 지난 sNuc-seq 에서는 FACs를 이용하여 mouse hippocampus에서 single nuclei를 sorting 하였었는데, 여기서는 Drop-seq 을 modify 하여 Single nuclei를 fresh, frozen tissue에서 sorting 하였음.. Drop-seq이 대세인듯? 지난 데이터에 비해서 Single nuclei의 갯수도 많이 늘어나긴 하였지만, 더 기쁜(?) 소식은 Adult human hippocampus 와 prefrontal cortex 데이터가 있다는점!

  • mouse cell line에서 4,442개 nuclei, adult mouse brain tissue에서 9,219개. Human frozen tissue에서 20,324 nuclei 를 뽑아서 RNA-seq 했으니까.. 약 30,000개 세포의 Transcriptome을 분석한 셈이네.. 대단하다 정말.
  • 이것 저것 DroNc-Seq의 sensitivity 분석도 하고. Clustering 분석도 하고. Marker 분석도 하고.. 이 논문은 어디에 나올까?

어쨌든, sNuc-seq 데이터 공개한 것 처럼, Single Cell Portal에 논문 publish 되면 data도 공개하겠지?

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